财务收支审计的基本流程是：
第一、由单位主管部门或被审单位聘请会计师事务所，会计师事务所与委托方初步接触，对拟进行审计的单位或建设项目的基本情况进行初步了解；
第二、签订业务约定书；会计师事务所进场进行现场审计，出具审计报告初稿；
第三、与被审单位或建设项目主管部门交换意见，出具正式审计报告。
财务收支审计的内容
一、实行预算管理的事业单位主要审计内容：
1.财务收入来源的合法性、入账的完整性；
2.财务支出范围的合法性、合规性、合理性；
3.资产的安全性等。
二、基本建设项目的财务收支审计的主要内容：
1.项目拨款是否按规定入账
2.资金使用是否符合规定的用途；
3.资金是否安全等。
三、实行企业管理的单位财务收支审计的主要内容：
1. 对企业的会计资料，包括会计报表、会计账簿和会计凭证的真实、合法进行审计。
2. 对企业资产，包括流动资产、长期投资、固定资产及其累计折旧、在建工程、无形资产、递延资产和其他资产的安全完整、保值增值进行审计。
3. 对企业负债、包括流动负债和长期负债的情况进行审计。
4. 对企业所有者权益，包括实收资本、资本公积、盈余公积和未分配利润的真实、合法进行审计。
5. 对企业损益，包括收入、成本费用和利润的情况进行审计。
四、行政事业单位财务收支审计的主要内容：
A、财务收入方面
1、未经省级人民政府的财政部门会同物价部门批准进行收费。
2、应缴未缴财政专户和没有及时足额上缴财政及坐支应缴未缴收入。
3、账外资金形成“小金库”。
4、不按规定使用财政部门统一印制或监制的收费票据。
B、务支出方面
1、发放各种补贴、奖金未经财政部门批准。
2、应交未交各种税金及附加。
3、挤占、挪用专项资金。
4、虚假发票报账。
5、乱列支出。
6、虚列支出。
7、购置固定资产未记入单位的固定资产账。
8、超越单位权限处置资产。
9、购买控办商品未办理控办手续。
C、财务其他方面
1、在往来款账中长期挂账。
2、其他需要注意的问题。