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开具运输发票的流程主要包括以下几个步骤：

准备相关资料。在开具运输发票之前，需要准备合同或协议、发货单、收货单等资料，以确认运输业务的真实性和合法性。

确认纳税人身份。根据纳税人身份（如一般纳税人或小规模纳税人）和业务类型，确定适用的税率。

确定发票类型。根据业务类型选择相应的税率，并确定是否需要开具增值税专用发票。

前往税务机关或使用网上税务平台。可以携带相关证件和资料前往当地税务机关办理，或通过网上税务平台进行办理。此外，还有一些第三方平台也可提供运输发票的开具服务。

填写发票内容。在开具运输发票时，需要正确填写发货人、收货人、运输起点和终点、运输货物种类等信息。

缴纳税款。在开具发票前，可能需要先向税务机关缴纳相应的税款。

交付发票。将开具好的发票交付给购买方，并确保发票的准确无误和合法有效。

需要注意的是，开具运输发票需遵守相关法规和规定，确保发票的真实性、准确性和完整性。同时，还要注意税率和税收优惠政策的变化，以及不同地区可能存在的税收政策差异。